Eskişehir'de ilk müze, çevreden toplanan arkeolojik eserlerin, 1944 yılında Alaadin Camii'nde depolanması ile kurulmuştur. Eserler daha sonra Kurşunlu Camii ve Külliyesi'ndeki medrese odalarınd korunmaya alınıp, bahçesinde teşhir edilmiştir. Müze Atatürk Bulvarı üzerindeki binasına 2974 yılında taşınmıştır. Müzede; bölgede yapılan Şarhöyük. Pessinus, Küllüoba, Orman Fidanlığı, Karacaşehir. Çavlum Mezarlığı. Kocakızlar tümülüsü kazılarında bulunan eserler sergilenmektedir. Bunun yanında satın alınma yolu ile gelen eserler, bahçe ve müze içi teşhiri olarak ziyarete açılmıştır. Müzede Tunç Çağından - Selçuklu dönemine kadar birçok eser görülebilir.
Karikatür müzesi binası; 1900'lü yılların başında yapıldığı tahmin edilen ve konut olarak kullanılan ahşap bir yapının restorasyonla yenilenmesinden oluşturulmuştur. İki katlıdır ve toplam alanı 265 metrekaredir. Yapı tipik bir Eskişehir Odunpazarı evidir. Şehrin ilk kurulduğu bölgededir.
Müze, Türkiye'de bir ilk olan Anadolu Üniversitesi Karikatür Sanatını Araştırma ve Uygulama Merkezi'nin yan kuruluşudur. Müzede; daimi sergi, değişken sergi bölümleri, portreler odası, Türk karikatür ustaları odası, Eskişehirli karikatürcüler odası ile kitaplık bölümleri bulunmaktadır. Müzede karikatür çalışmalarının yapılabileceği mekanlar da tasarlanmıştır.
Müzede karikatür arşivindeki eserler sergilenirken,alt kat salonunda yerli ve yabancı karikatürcülerin sergileri de aralıklı olarak sürdürülmektedir. Böylece sık sık yapılacak değişikliklerle yaşayan bir müze amaçlanmaktadır.
Müzeden araştırma amacıyla da yararlanılmaktadır. Bu amaçla bir kitaplık oluşturulmuştur.
Müzede kitap, kartpostal, poster ve hediyelik eşyalar da ziyaretçiler tarafından satın alınabilmektedir.
Dünyanın her tarafında bu tür uzmanlık müzeleri bağışlarla büyümektedir. Bu müze de orijinal karikatür, kitap, poster, gazete, dergi gibi bağışları kabul etmektedir.
Anadolu Üniversitesi Cumhuriyet Tarihi Müzesi
Cumhuriyet döneminin Eskişehir'deki en eski binalarından biri olan Odunpazarı Askerlik Şubesi, Anadolu Üniversitesi'ne tahsis edildikten sonra restore edilmiş ve "Anadolu Üniversitesi Cumhuriyet Tarihi Müzesi" olarak düzenlenmiştir. Müze, 23 Nisan 1994 günü hizmete açılmıştır. Müzede Türkiye Cumhuriyeti'nin kuruluş öyküsü belgelerle yer almaktadır. Türkiye'nin kuruluşunu anlatan 130 fotoğraf, Mustafa Kemal Atatürk'ün çeşitli dönemlere ait 51 portresi, Eskişehir yöresine ait çok sayıda etnografık eser bulunmaktadır.
Lületaşı Müzesi
Lületaşı Müzesi. Eskişehir Valiliğince şehrin merkezindeki Yunus Emre Kültür Merkezi'nin bir bölümünde 1989 yılında açılmıştır. Müzede, Eskişehirli lületaşı ustalarının ürettikleri seçkin ürünlerin yanında, lületaşının işleniş aşamaları da sergilenmektedir. Ayrıca her yıl düzenlenen Uluslararası Yunus Emre Kültür ve Sanat Haftası içindeki yarışmalarda ödül alan yerli ve yabancı sanatçıların, lületaşından yaptıkları eserler sergilenmektedir
Havacılık Müzesi
Anadolu Üniversitesi Yunus Emre Kampüsü'nün karşısında yer alan Havacılık Müzesi 1998 yılında açık teşhir olarak ziyarete açılmıştır. Müzede, çeşitli tip ve modellerde sivil ve savaş uçakları görülebilir. Kapalı bir mekanda ise pilot giysileri, rozetler, maket uçaklar ve uçak motorları yer almaktadır. Restorana çevrilmiş bir uçakta ise ziyaretiçilere fast - food hizmeti verilmektedir.
Çağdaş Sanatlar Müzesi
Anadolu Üniversitesi Yunus Emre Kampüsündedir. Birinci Ulusal Mimarlık Dönemi yapılarından olup döneminde Askeri Kışla ve Talimgah Binası olarak kullanılan bina, Anadolu Üniversitesi'nce restore edilerek, 2001 yılında ziyarete açılmıştır. Güzel Sanatlar Fakültesi bünyesinde, zaman içerisinde toplanan 75 Türk ve 12 yabancı sanatçının eserleri müze koleksiyonunda bulunmakta ve sergilenmektedir. Alanında Türkiye'deki ilk ve tek müzedir.
Sivrihisar-Ballıhisar
Pessinus Açık Hava MüzesiEskişehir ili Sivrihisar ilçesi. Ballıhisar (Pessinus) antik kentinde, Eskişehir Valiliği'nin desteği ile 1988 yılında açılmıştır. Antik kentte yıllardır sürdürülmekte olan kazılarda gün ışığına çıkartılan taş eserlerin bir kısmı Açık Hava Müzesi olarak düzenlenen bina ve bahçesinde teşhir edilmektedir.
Yunus Emre Müzesi
Eskişehir ili Mihalıççık İlçesi Yunus Emre (eski Sarıköy) köyündeki müze; Kültür Bakanlığı'nca Yunus Emre Türbesinin mimarisine uygun olarak 13 yy. mimarisi tarzında yapılmış ve 1974 yılında ziyarete açılmıştır. Müzenin bir bölümünde, Yunus Emre Zaviyesine ait 4 berat, 7 muhasebe koçanı, birinci ve ikinci mezarlarından nakli sırasında çekilmiş fotoğraflar ile Yunus Emre'yi tanıtıcı kitaplar sergilenmektedir. Diğer bölümlere ise bölgenin etnografik malzemeleri ile Selçuklu dönem taş süslemeciliğinin en güzel örneklerini veren mimari parçalar sergilenmektedir.
TCDD Demiryolları Müzesi
Eskişehir Gar sahasında bulunan müze, 1998 tarihinde ziyarete açılmıştır. Bir demiryolu kenti olan Eskişehir'i açılan bu müzede sergilenen eşyalar: Demiryollarının Osmanlı döneminden itibaren ülkemize sağladığı ekonomik, sosyal ve kültürel gelişmelerin evrelerini gözler önüne sermektedir. Sergilemede eğitim ön planda tutulmuştur. Teşhirde telgraf makinesinden lokomotife kadar demiryolu ulaşımında ve iletişiminde kullanılan araç ve aletlerin yanında demiryolu padişah fermanları fotokopileri, ilgili yayınlar ve giysiler sergilenmektedir.
