Şehir Türkiye'deki demiryollarının hemen hemen kesişim noktası gibidir. Birçok demir yolu hattı Eskişehir'den geçmektedir. Haydarpaşa Garından Ankara yönüne giden tüm trenler Eskişehirden geçer. Hızlı trenin tamamlanmasıyla Eskişehir-Ankara arası 1 saat 15 dakika; Eskişehir-İstanbul arası 1 saat 30 dakika olacaktır. Eskişehir Anadolu Üniversitesi Havaalanı'nda THY ile İstanbul-Eskişehir arası seferleri 21 Haziran 2007 günü başlamıştır. Eskişehir Anadolu Üniversitesi Havaalanı'ndan kalkan uçaklar Atatürk Havalimanı'na haftanın her günü uçmaktadır. Eskişehir’in ana karayolu bağlantısı İstanbul-Eskişehir-Ankara devlet yoludur. Adapazarından ayrılan bu yol güneye inerek Bilecik’ten geçer ve Bozüyük’ten doğuya yönelerek Eskişehir il sınırı içine girer. Tüm ili kuzeybatı-güneydoğu yönünde geçen bu yol il ulaşımının omurgasıdır. Merkez ilçe ve Sivrihisar bu yol üzerinde yer alır. İl’in diğer karayolu bağlantıları bu yoldan ayrılır. Eskişehir’de ulaşımı olmayan köy bulunmamaktadır.
